Saturday, May 17, 2008

BIOLOGY my Departement

BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Pada umumnya bakteri mempunyai satu kromosom. Kromosom bakteri umumnya berbentuk sirkular atau lingkaran. Disamping memiliki kromosom. Beberapa bakteri mempunyai ektra-kromosomal DNA yang bentuknya juga sirkular namun ukuranya jauh lebih kecil jika dibandingkan dengan ukuran kromosom aslinya. Plasmid dapat mereplikasi sendiri. Jumlah, bentuk, dan ukuran plasmid antar bakteri berbeda antara satu dengan yang lainya, bahkan antar sel dalam satu spesies bakteri (Plattsburgh, 2008).

Isolasi plasmid bisa dilakukan dengan menggunakan metode minipreparasi alkali lisis. Metode ini menggunakan dasar bahwa plasmid mempunyai ukuran yang kecil dan bentuknya melingkar kuat, sedangkan kromosom ukuranya lebih besar dan bentuknya kurang melingkar kuat. Dari hal ini memungkinkan pemilihan secara selektif dengan menggunakan presipitasi (Jmu, 2008). Plasmid penting untuk diisolasi, hal ini untuk karakteristik beberapa bakteri, oleh karena itu, penting sekali dilakukan praktikum tentang Mini-Preparasi DNA Plasmid.

1.2 Rumusan Masalah

Permasalahan dalam praktikum ini adalah bagaimana mengisolasi DNA plasmid dari bakteri dengan menggunakan metode minipreparasi alkali lisis ?

1.3 Tujuan

Adapun tujuan diadakanya praktikum Mini-Preparasi DNA Plasmid adalah untuk mempelajari bagaimanakah cara mendapatkan DNA plasmid dari bakteri yang telah diinokulasi sebelumnya dengan baik dan benar.

1.4 Manfaat

Manfaat yang diharapkan dari diadakanya praktikum ini adalah bisa mendapatkan DNA plasmid dari bakteri yang telah diinokulasikan sebelumnya serta bisa menerapkan isolasi DNA plasmid dengan menggunakan metode minipreparation.


BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

Plasmid merupakan potongan melingkar DNA yang ukuranya kecil (kurang lebih 2000 sampai 10000 pasangan basa) yang berisi informasi genetik yang penting untuk pertumbuhan bakteri. Di alam, gen informasi ini sering mengkode protein yang akan membuat bakteri resisten terhadap antibiotik. Plasmid mungkin merupakan hasil dari perkembangan heterothrop yang tertutup. Bakteri sering tumbuh pada lingkungan yang sama dengan mold dan fungi dan berkompetisi dengan mereka untuk mendapatkan makanan (bahan organik komplex). Sebagai hasilnya, mold dan fungi menghasilkan toksin untuk membunuh bakteri (dalam dunia kedokteran sering deisebut dengan antibiotik) agar supaya menang dalam memperebutkan makananya. Untuk menanggapi ini bakteri mengahsilkan plasmid untuk mempertahankan hidupnya (Jakubowski. 2008). Plasmid adalah DNA untai ganda yang berbentuk sirkuler yang berada diluar DNA kromosomal bakteria. DNA ekstrakromosomal yang etrjadi secara alamiah pada bakteria, yeast, dan beberapa sel eukaryotik yang berada secara simbiotik maupun parasitik pada sel inang. Ukuran plasmid DNA lebih dari 100 kb. Sebagaimana sel inang yang menggandakan DNA kromosomal, sebelum membelah plasmid juga melakukannya (Lodish, dkk, 2004).

Dalam dunia rekombinasi, plasmid yang sering digunakan adalah plasmid dari bakteri E. coli, hal dikarenakan plasmid pada bakteri ini adalah plasmid yang mempunyai ukuran yang cukup panjang, sehingga ketika direduksi, maka plasmid ini akan menghasilkan ukuran sekitar 3 bp panjangnya (Lodish, 2000). Isolasi plasmid bisa menggunakan metode minipreparation, dimana metode ini digunakan untuk menekstrak DNA plasmid dari suspensi sel bakteri dan didasarkan pada prosedur alkalin lysis yang telah dikembangkan oleh Birnboim and Doly (dalam penelitianya tentang asam nukleat 7:1513, 1979) (Rachdie. 2008).

Gambar 1. Plasmid (Premierbiosoft. 2008).

Dua tipe utama prosedur yang digunakan untuk memurnikan DNA adalah sentrifugasi dan ekstraksi secara kimiawi. Prinsip-prinsip dari sentrifugasi adalah dengan memisahkan molekul berdasarkan ukuran dan berat molekul. Sampel yang disentrifugasi dengan kecepatan tinggi dan gaya sentrifugal menyebabkan komponen yang lebih besar dan lebih berat akan terendap di dasar tabung yang biasa disebut dengan pelet, sedangkan molekul yang ukuran dan beratnya lebih kecil akan berada pada lapisan yang atas yang biasa disebut dengan supernatan. Sebagai contoh, pemecahan sel bakteria dengan menggunakan lysozim dan detergen akan menghasilkan larutan yang mengandung fragmen-fragmen dinding sel yang lebih kecil dan fragmen DNA yang merupakan molekul raksasa. Apabila larutan tersebut disentrifugasi maka DNA dan beberapa komponen besar lainnya akan mengendap di dasar tabung sentrifus. sedangakan fragmen dinding sel bersama dengan berbagai komponen larut lainnya bercampur pada supernatan (Calladine,. 2004).

supernatant is transferred to a new tube, and the plasmid or cosmid DNA is precipitated by the addition of polyethylene glycol and collected by centrifugation

Metode yang digunakan untuk isolasi DNA plasmid dan cosmid adalah menggunakan alkalin lysis. Secara singkatnya, sel yang akan diambil bagian plasmidnya diambil dengan mengguanakan sentrifugasi, diinkubasi dengan menggunakan lysosim buffer, dan diperlakukan dengan menggunakan alcaline detergent. Protein yang terlarut dan membran dipresipitasi dengan menggunakan presipitate lysat dibersihkan dengan filtrasi dari presipitat melalui cheesecloth dan kemudian disentrifugasi .


Calladine, C. R., Horace R D., Ben F L., Andrew A T. 2004. UNDERSTANDING DNA. Academic Press. Amsterdam.

Jmu. 2008. DNA Plasmid Miniprep Protocol. http://csm.jmu.edu/ biology/courses/bio480_580/mblab/miniprep.html. tanggal akses 12 Maret 2008.

Jakubowski. 2008. plasmid. http://employees.csbsju.edu/ hjakubowski/classes/ch331/dna/oldnalanguage.html&h=554&w=450&sz=29&tbnid=54iFDIdzPo7aeM:&tbnh=133&tbnw=108&prev=/images%3Fq%3Dplasmid%26um%. tanggal akses 12 Maret 2008.

Lodish, H., Arnold B., S. Lawrence Z., Paul M., David B. James D. 2000. MOLECULAR CELL BIOLOGY. Wh Freeman Company

Premierbiosoft. 2008. gambar plasmid. http--www_premierbiosoft_com-images-plasmid_maps_gif. Tanggal akses 12 Maret 2008.

Plattsburgh. 2008. Plasmid. http://faculty.plattsburgh.edu/ donald.slish/figures/Bluescript.GIF&imgrefurl=http://faculty.plattsburgh.edu.pdf

Rachdie. 2008. isolasi plasmid. http://rachdie.blogsome.Com /2006/11/02/teknik-dasar-analisa-biologi-molekuler-2/. Tanggal akses 12 Maret 2008.

Roe, BA. 2008. genom education. http://www.genome .ou.edu/protocol_book/protocol_partIII.html. Tanggal akses 12 Maret 2008.

No comments:

anda pengunjung ke

Hubble Images